Mehrere Schiffe als Ziele würde ich von vornherein streichen.
Das wirft zu viele Probleme auf. Die Koordination, die Gleichzeitigkeit, der Zeitablauf, getrennte Spieler und ein grösseres Einsatzteam, sowie deren Kommunikation.
Die Probleme haben die Spieler, aber besonders der SL.
Trojanisches Pferd
An Bord des Schiffs verbirgt sich ein gegnerisches Einsatzteam (z.B. Infiltratoren), inaktive Roboter (die z.B. in das Schiff eingearbeitet wurden, um sie unsichtbar zu machen) ein Sender oder eine Mega-Bombe. Das Ganze kann unterschiedliche Ziele haben (möglicherweise richtet es sich gegen einen anderen Feind und gar nicht gegen die Chars selbst?).
Verseuchung
Das Schiff ist kontaminiert. Verstrahlung oder Verseuchung.
Die Frage ist, ob unabsichtlich oder absichtlich? - Ähnlich der Pocken-Decken-'Geschenke' an die Indianer, um diese auszurotten.
Selbstzerstörung
Nur die Besten und Fähigsten können so eine Aktion stemmen. Sie anzulocken und zu beseitigen ist das Ziel.
Meuterei
Die Ingenieure (und Arbeiter) sind unzufrieden und kapern das Schiff selbst, als sich die Chars an Bord schleichen.
Fehlfunktionen
Die Konstruktion hält nicht, was der Ingenieur versprochen hat. Um nicht beim Auftraggeber in Ungnade zu fallen, sabotiert, entführt, zerstört der Ingenieur sein Werk selbst.
Multiple Interessen
Unterschiedliche Gruppierungen mit verschiedenen Interessen greifen gleichzeitig, oder kurz nacheinander, auf das Schiff zu.
Neuer Antrieb
Der Antrieb des Schiffes ist revolutionär. Bewusst oder unbewusst nutzt man für die Maschine intelligente Energie Wesen (die versklavt werden, oder durch eine Energie Signatur angelockt und 'motiviert' werden).
Oder man nutzt zur Befeuerung des Antriebs Knollen/Steine/Mineralien, welche die Eier einer bislang unbekannten Spezies sind, bzw. die ehrwürdigen Überreste ihrer Toten darstellen.