Sind denn die anderen Zeichen (Unterstrich, Bindestrich, ß, Klammern) an ihrem Platz? Ansonsten ist vermutlich das Tastaturlayout falsch eingestellt. Bei mir steht es in System -> Einstellungen -> Tastatur auf Generic 105 key (Intl) PC und bei Belegung auf Germany Eliminate Dead Keys, wobei es bei diesem Eintrag noch ein nicht angekreuztes Ankreuzfeld gibt (vermutlich sind die sogenannten Dead Keys, also die Akzente, ^ und ~ bei mir deshalb auch nicht tot, sondern funktionieren bei einfachem Druck).
Xfvwm und Fluxbox sind lediglich Fenstermanager und vertragen sich deshalb nicht mit dem Beryl-Fenstermanager, weil es nur einen geben kann. Gnome, KDE und XFce hingegen sind Desktop-Umgebungen, die jeweils unter anderem auch einen Fenstermanager mitbringen (bei Gnome Metacity), und den kann man eben durch Beryl ersetzen.
Edit: ach verdammt, vielleicht ist der Einstellungspfad für die Tastatur oben auch bloß Ubuntu und nicht Gnome. Falls das so ist, was steht denn in deiner xorg.conf bezüglich der Tastatur?
Robin