Also ich bin für Variante B.
Ich sehe es so, dass zwar beide Settings Gemeinsamkeiten haben, aber auch, z.B. grade in der historischen Entwicklung (große) Unterschiede besitzen. Auch gibt es mMn unterschiedliche "Endstadien" bzw. Gegenwarten in denen dann gespielt werden soll:
Einerseits sind die Menschen "weg" und es gab keine Katastrophe, sondern eine "problemfreie" Entwicklung, die in Hochtechnologie endete (die auch noch existiert) und in "Erleuchtung" (I, Droid), andererseits gab es die Katastrophe und es gibt nur noch "Überreste" der Menschen bzw. sogar noch "Nachkommen" (Naraka). Diese beiden Punkte beißen sich mMn, wenn man sie in eine Galaxie packt bzw. die Settings zusehr verzahnt.
Um spannende Berührungspunkte zu erhalten, sollten beide Settings mMn nebeneinander Existieren, so dass man aber auch das eine spielen kann ohne das andere zu kennen, usw.. Daher würde ich die Settings in 2 Galaxien packen, welche ggf. Berührungspuntke haben, wenn man dies möchte. Sprich ich würde die Settings halt parallel entwickeln aber nicht wirklich miteinander verzahnen, sondern nur ein "Modul" anbieten, welches die Settings verbindet. (Ähnlich wie bei Fernsehserien, die in irgend einer Folge mal einen Crossover haben.). Somit müsste man sich keine großartigen Gedanken um Inkonsistenzen usw. machen. Setting A geht für sich alleine, Setting B geht für sich alleine, aber mit Modul C lässt sich das ganze "mischen". Und das würde man mMn ganz gut mit 2 Galaxien hinbekommen.