Nunja, das Warum ist schon leicht erklärt: wenn man den ganzen 3.5er-Krempel schon hat, muss man nicht noch ein weiteres System kaufen, und die Mechaniken sind schon vertraut.
Einerseits gibt es auch in D&D und somit auch E6 mehr Klassen und damit mehr Abwechslung, andererseits aber kommt man auf 6 Leveln niemals in den Genuß der meisten Class Features (Seitenhieb: ausgenommen der Fighter, der überhaupt keine Class Features besitzt). Und obendrein kann man auch die Prestigeklassen fast komplett stecken, da die meisten PrCs erst ab ca. Level 6 zugänglich sind.
Ein Grundgedanke von E6 sind wohl auch die niedrig gedeckelten Hitpoints. Derartige Ansätze gibt es auch in anderen D20-Ablegern, z.B. steigen in Conan die HPs ab Level 10 praktisch nicht mehr an, Star Wars hat das Wound/Vitality System und so weiter.