Nach Deiner Beschreibung, würde ich spontan eine Abwandlung von CoC: Delta Green vorschlagen. Das ganze dann völlig auf die Unterwanderung/Bedrohung durch die Mi-Go (mit williger Kooperation durch Majestic 12) abgestellt, wobei die Mythos Elemente völlig ausgeblendet werden (außer vielleicht "In den nächsten 50 Jahren geht die Welt unter"-'Feeling).
Für den Twist am Ende käme sogar die Delta Green Kurzgeschichte "Russian Dolls" (aus "Dark Theatres") in Frage
Eine Gruppe UFO Freaks wird von kleinen, grauen Männchen zum Mitfliegen in ihrem Raumschiff eingeladen. Aber in Wirklichkeit ist das ein Experiment der Mi-Go, um den menschlichen Geist auszutesten. Am Ende versuchen Delta Green Agenten aus dem Geschwafel des einzigen Überlebenden, der in der Klapse sitzt, klug zu werden.