Kommt drauf an. Steht ihnen Magie zur Verfügung? Zeitverzögerungslose Kommunikation (Palanthir, Scrying, etc)? Teleportation/Portale/fliegende Transportmittel?
Wenn nicht, dann allgemein dezentraler, in lokale Zellen organisiert, die über Boten, toten Briefkästen und ähnliches miteinander kommunizieren und das meiste lokal allein Regeln müssen. Ein Problem dürfte die Kombination aus "streng geheim, niemand weiss, dass es sie gibt" und "wir übernehmen jetzt das Kommando hier" sein, wenn man dem lokalen Fürsten eben nicht einen Spiegel in die Hand drücken kann, aus der ihm der Kanzler des Kaisers direkt mitteilt, dass ja, diese komischen Gestalten im Auftrag des Reiches unterwegs sind und, ja, die jetzt das Kommando haben und, JA, Ihre Hochwohlgeboren jetzt verf... nochmal auf den Buchstaben genau tut, was die sagen, bevor der Kanzler den Kaiser damit behelligen muss. Eventuell halt ein Geheimorden, der von den meisten für ein Gerücht gehalten wird, bis dann doch mal einer von denen vor einem steht. Wird aber ohne eine wirklich beeindruckend fälschungssichere Authentifizierung nicht wirklich durchsetzbar sein.
Dazu dann Elite-Problemlöser, die einzeln oder in festen Gruppen von Krisengebiet zu Krisengebiet reisen und da aufräumen, wo die lokalen Zellen überfordert waren, unter Umständen mit ernüchternd viel verbrannter Erde hinterher.