Das war auch in XP schon ganz ähnlich, sogar schon in Win 98 und Win 95. Seit es die Registry gibt, gibt es einen Standard-Ordner für Programme, der in der Registry einzustellen ist. Beim deutschen Windows hieß der 'Programme', beim englischen 'Program Files'. Anwendungen, die sich nicht um Lokalisierung scheren, wurden selbst von Microsoft gerne unsauber mit fest kodierten Verzeichnisnamen installiert, so dass man irgendwann, früher oder später, auch einen Ordner 'Program Files' und z.B. auch 'Start Up' neben 'Autostart' hatte.
Vielleicht hat MS darauf bei Vista reagiert und die Situation dadurch verschlimmbessert, dass es nur noch einen Ordner 'Program Files' gibt, dem ein Synonym (eine Verknüpfung) in der Landessprache zugeordnet ist. Wenn das so ist, dann hast du jetzt vermutlich den selbst angelegten Ordner 'Programme' mit Inhalten, während der ohne Inhalte eine Verknüpfung ist, die, wie bereits in der vorigen Antwort angedeutet, auf den 'Standardordner' zeigt.
Vermutlich kannst du einfach alle Inhalte des Ordners 'Programme' nach 'Program Files' verschieben und den Ordner 'Programme' dann löschen; falls Vista einem Administrator solche Eingriffe überhaupt erlaubt
. Normalerweise sollten Pfadverweise auf \Programme\bla durch die Verknüpfung nach \Program Files\bla umgeleitet werden. Probier das aber erst mal mit etwas leicht neu Installierbarem.
Robin