Nö.
Punkt 1 gilt nicht, da die +20 aus diesem Abschnitt stammen. As otherwise noted bedeutet, dass es in der jeweiligen Zauber- oder Fähigkeitsbeschreibung auftaucht. Bei Polymorph und Alter self steht kein Bonus, daher gelten die in der von dir zitierten Passage stehenden allgemeinen Regeln zu Polymorph-Zaubern. Wäre es so, wie du es sagts, wäre der Abschnitt ja redundant.
Punkt 2: Polymorphs sind Verwandlungen, also immer change into, nicht appear as, denn das wären Illusionen.
Punkt 3: Du bist generic, solange du mehr oder weniger durchschnittlich für deine Art bist. Der Satz bedeutet lediglich, dass du dich nicht in ein Mitglied der Art verwandeln kannst, dessen Erscheinung aus dem Rahmen fällt. Du kannst dich aber auch immernoch nicht in ein bestimmtes Individuum verwandeln, gemäß des voranstehenden Satzes, also nicht in Ork XY.
Ich verstehe den ganze Passus jetzt so, dass man einen Bonus darauf bekommt, wenn man sich allgemein als Angehöriger der entsprechenden Kreaturen-Art ausgeben will. Du BIST körperlich ein Ork, aber es gibt noch immer Abweichungen, die dich verraten können, z.B. dein Verhalten, deine Sprechweise, etc.
Du kannst den Bonus gar nicht bekommen, wenn du dich für ein Individuum ausgeben willst, weil du den Zauber in der Weise nicht anwenden kannst. Es wäre so, als wolltest du dich als Hauptmann verkleiden, aber hast nur ein Balett-Tutu zur Verfügung (sprich: unnützes Werkzeug).