Ich kann hier mal berichten, wie es in meiner Runde abläuft, auch wenn das eventuell nicht dein Problem löst...
Ich habe die Arche nach dem Vorschlag aus dem Schnellstarter-Szenario "Eine neue Art von Bestie" gestaltet, und einen recht ähnlichen Handlungsstrang verwendet (allerdings ohne Tier-Mutanten).
Im Laufe der Handlung sind (wie im Szenario vorgeschlagen) der mächtigste Boss der Arche (und danach auch sein einflussreicher Mörder) getötet worden. Es gab also ein großes Macht-Vakuum in der Arche.
Da die Charaktere einen großen Anteil an der Aufklärung der Intrigen hatten, habe ich ihnen zugestanden, ein Mitsprache-Recht bei der Machtverteilung zu haben. Als Beispiele habe ich ihnen genannt:
* Einen der verbliebenen Bosse unterstützen und stärken
* Einer der Charaktere kann sich selbst zum Boss und Nachfolger ausrufen lassen
Stattdessen haben die Spieler aber eine andere interessante Option gewählt: Sie haben einen Führungs-Rat aus drei Personen gegründet. Er besteht aus:
* Einem Spieler-Charakter (ist sowas wie der "Außen-Minister" und will sich um die Erforschung der Zone kümmern)
* Ein mächtiger Boss mit kampferfahrenen Mutanten, mit dem die Charaktere schon zusammen gearbeitet haben (ist sowas wie die Verteidigungs-/Innen-Ministerin)
* Eine Vertreterin der Chronisten (kümmert sich um Forschung/Entwicklung und vertritt den Willen des "Ältesten")
Im Rahmen dieses Führungsrates bestimmen die Spieler auch die Entwicklung der Arche. Ich lasse ihnen hier weitgehend freie Hand. Meistens werden die Projekte bearbeitet, die sich die Spieler/Charaktere wünschen. Dennoch werden Projekte im Führungs-Rat besprochen und manchmal müssen die NSCs im Rat überzeugt werden.
Wenn die Charaktere auf längeren Zonen-Reisen sind, verlieren sie darüber hinaus die Kontrolle über die Entwicklung der Arche. Es ist bspw. schon vorgekommen dass ein im Bau befindliches Museum teilweise wieder abgerissen wurde, weil es der Boss im Führungsrat für wichtiger hielt, eine Kampf-Arena fertig zu stellen und daher Material des Musems für seine Arena genutzt hat. Die Entwicklung läuft also auch in Abwesenheit der Charaktere (etwas verlangsamt) weiter.
Dazu kommt natürlich, dass der Führungs-Rat nicht von allen Mutanten in der Zone akzeptiert wird. Der Rat hat schon fast einen kommunistischen Führungs-Stil eingeführt (alles wird geteilt, alle arbeiten zusammen), was zu hoher Korruption und Unbehagen bei den Hehlern und Bossen der Arche führte, die um ihre Macht-Stellung fürchten. Das Volk wird somit immer wieder gegen den Rat aufgestachelt und der Rat muss regelmäßig Erfolge vorweisen, um seine Machtstellung zu verteidigen.
Im Spiel dauert bei mir eine Würfel-Runde für Entwicklung von Archenprojekten etwa 3 Tage. Ich habe den Spielern gesagt, dass die Entwicklung der Arche einmal pro Spielabend vorgesehen ist. Und dass schlimme Dinge passieren werden, wenn sie mehrere Würfel-Runden am Stück absolvieren wollen. Somit sollten sie sich nach einer Archen-Projekt Runde lieber um die Probleme kümmern, die sie ohnehin schon auf dem Tisch haben, bevor ich ihnen noch ein weiteres vor die Nase setze, um sie von den Archen-Projekten abzulenken.
Das schließt aber natürlich nicht aus, dass trotzdem neue schlimme Dinge passieren...