Ich denke, dass man durchaus konform zum Setting bleiben kann, solange man es nicht zu sehr ins Extrem laufen lässt.
Hier reicht es m.E. schon, wenn man zwischen 'gesundem' Misstrauen (gerade unter Zwergen und Priestern weit verbreitet) und dem regelrechten Magier-Hass der religösen Fanatiker unterscheiden.
Die Magischen Orden sind im Imperium anerkannt und stehen unter dem Schutz des Imperators. Ein offener Angriff auf Magister der Orden stellt mehr oder minder Hochverrat dar (laut 'Realms of Sorcery') und kommt daher nur selten vor. Magister sind nicht beliebt, aber (offiziell) haben sich sämtliche Autoritäten des Imperiums mit ihrer Existenz arrangiert.
Bei jungen Magiern, die nicht auf sich selbst aufpassen können, ist Unauffälligkeit angesagt (da sie theoretisch ja auch noch nicht unter dem rechtlichen Schutz stehen, den ein Magister genießt). Dabei ist es eigentlich unabdingbar, dass die Gruppe mitspielt und 'ihren' Zauberlehrling weder auf- noch ins Messer laufen lässt.
Selbst in 'militärischen' Gruppen sollte das ohne rollenspielerische Verrenkungen klappen (wenn die Spieler mitspielen), denn erfahrene Magister gebieten häufig über sehr effektive Kampf- und/oder Heilmagie, deren militärischer Nutzen offensichtlich sein sollte.
Auch bei einem sturen Zwerg sollte schlussendlich der nüchterne Pragmatismus siegen (die zweite große 'Tugend' seines Volkes) und auch ein Ulricpriester sollte letztendlich zu einem 'Waffenstillstand' bereit sein - genau wie sein Kult, der die Magier zwar nicht gerade liebt, aber doch (zähneknirschend) tolleriert, solange sie dem Heil des Imperiums dienen.
Gruß,
RN