Also ich kann ja nur für Photoshop sprechen, aber da Gimp ganz ähnlich aufgebaut ist, würde ich folgendes machen:
Bild nehmen (Graustufen-Bild oder Farbbild, das vor Beginn in Graustufen umgewandelt wird), dann Bildmodus in RGB wechseln, neue Ebene anlegen, Ebene auf "Linear nachbelichten"/"Farbig nachbelichten"/"Farbe" stellen, mit dem Pindelwerkzeug die zu färbenden Stellen mit eine Farbe nach Wunsch übermalen.
Vortiel dieser Methode: du kannst viel exakter arbeiten und die Färbung jederzeit problemlos rückgängig machen oder verändern, da die Farbe auf einer eigenen Ebene liegt.