Nein, die HQ-Regeln stören nicht.
Der SPC ist ja im Grunde eine Obergruppe der NE-Settingregeln. Sofern ich mich erinnere gab es eine oder zwei Superpowers, die nicht übernommen wurden, andere Powers wurden gefixt bzw. erhielten mehr Modifikatoren und das die Tabellen für Stärke etc etwas anders gestaffelt sind.
Hast du die erste NE-Version sollte man die Regeln aus dem SPC nutzen. Bei der zweiten NE-Version (mit dem erweiterten Ende) hat dagegen diese den Vorrang vor dem SPC. Man achte hier insbesondere auf die Deflection power...