Da die Raumhäfen im 3. Imperium allesamt Hoheitsgebiet des Imperiums selbst und nicht der Planetaren Regierung sind würde ich mal sagen, dass für Transport von Imperiumsraumhafen nach Imperiumsraumhafen erst mal keine Steuern fällig werden. Bei Aus-/Einfuhr nach/aus nicht der unmittelbaren Jurisdiktion des Imperiums unterlegenen Gebieten, sowie Handel ausserhalb dieser Gebiete, kann das natürlich ganz anders aussehen.
Ansonsten wäre da von Fall zu Fall zu unterscheiden. Haben die lokalen Machthaber Gründe bestimmte Waren zu besteuern (Schutz einheimischer Produktionsbranchen vor Wettbewerb mit billigeren/qualitativ höherwertigen Importen/Handelskrieg/persönliche Gier) und besitzen die Möglichkeit dies zu tun, dann werden diese wohl Steuern erheben wenn sie nicht die Einfuhr gleich total verbieten. Die Höhe derselben wäre genauso abhängig von jeweilgen Fall.
Bedenken sollte man ebenfalls, um welche Art des Warentransport es sich bei den Unternehmungen der Charaktere handelt. Sind sie nur die Kutscher, die einen Container von A nach B bringen ohne, dass sie Eigentümer desselben wärem oder ist es klarer speculative trade. In ersterem Fall sind die Auftraggeber für anfallende Steuern zuständig, im letzteren siehe oben.