Wie bei so vielen hat man da Spielraum. Das größte Problem für die Second Inquisition scheint nicht so der der einzelne Todesfall hier und da zu sein, sondern wenn massiv Regierung und Regierungsorganisationen unterwandert und beeinflusst werden. Und wenn man nach Fall of London geht, kam das auch erst richtig ins Rollen, als ein gewisser doofer Vampir ihnen umfassende Informationen über die dortigen Vampire verschaffte.
Es wird verschiedentlich von einer gewissen internationalen Kooperation gesprochen, und von Zusammenarbeit mit so Vögeln wie dem Arkanum und dem militanten Arm der Katholischen Kirche, der Leopoldsgesellschaft. Es ist also durchaus denkbar, dass sie auch von anderen übernatürlichen Wesen und Phänomenen wissen. Inwiefern sie dagegen vorgehen, ist aber offen bzw. bislang ist nix dazu beschrieben, aber das ist ja nicht verwunderlich, denn die SI stammt aus V5, und von anderen Spiellinien gibt es nicht direkt irgendwas, was in der Zeit bzw. dem Universum von V5 angesiedelt ist. Es war also bisher schlicht wenig relevant.
Ich hielte es aber für plausibel, dass sie auch gegen andere Sachen als Vampire vorgehen, wenn sie 'was davon mitkriegen und es als hinreichende Bedrohung wahrnehmen. Magier z.B. würden glaube ich nicht per se auf der Abschussliste der SI landen, sondern nur solche, die recht offensichtlich gegen die Gesetze der Sterblichen verstoßen und oder durch vulgäre Magie auffallen. Technokraten wären ja vom Verschwörungsaspekt ein potentieller Gegner, aber ich glaube die Techies haben sich so gut positioniert, dass sie eher hinter der SI stehen (und sei es nur als gelegentlicher Tippgeber) als zu ihrem Ziel zu werden. Dämonen und ihre Kulte sind aber wohl valide Ziele, Werwölfe je nach Verhalten ebenfalls, Totengeister auch, wenn sie denn zu einem Problem für die sterbliche Welt werden (was die Ausnahme sein dürfte). Changelings und Mumien sind aber meist vergleichsweise subtil, die also eher nicht.