Naja, ich find immer, wenn es so ganz generisch ist, wird es etwas schwierig. SciFi ist halt weniger gleich andere SciFi als das bei Fantasy der Fall sein mag.
Man kann sich ja einfach mal den ganzen Kalter Krieg und War on Terror Spionagekram ansehen, den es so gibt, mit etwas Arbeit lässt sich das eigentlich alles auf SciFi übertragen.
Mal ein paar Beispiele
Eine Superwaffe (a la Atombombe, kann natürlich auch ne Novabombe oder sowas sein dann) wurde "verlegt" und das Kommando möchte das gerne aufgeklärt wissen, immerhin könnten dumme Dinge passieren, wenn sie in falsche Hände gerät. Das eine kriminelle oder feindliche Geheimoperation die finger im Spiel hat scheint wahrscheinlich. Diese Leute zu identifizieren und auf dem einen oder anderen Weg auszuschalten ist ein wichtige Nebenmission.
Bei einer Langstreckenmission hinter feindlichen Linien geraten die SC mit ihrem Tarnschiff in ein Gefecht, und eine Weiterreise scheint ob der Schäden unmöglich. Sie können noch einen Hilferuf absetzen (von dem sie nicht sicher wissen ob der Feind mithört), sind dann aber erstmal in einem wenig entwickelten, feindlichen Gebiet von Hilfe abgeschnitten. Sie müssen aushalten, möglichst ohne aufzufallen, dabei aber für alles Lebensnotwendige sorgen, und, wenn keine Hilfe kommt, vielleicht auch eine alternative Weiterreise organisieren.
Ein Kollege, der ein sehr guter Agent ist, hat sich verliebt. Das Kommando vermutet, es handelt sich um eine sogenannte "Honey Trap". Sie geben den SC daher den Befehl, die Liebschaft auszuschalten und es nach einer anderen Partei aussehen zu lassen, auch um den guten Agenten zur Arbeit gegen diese Partei zu motivieren. Richtige Beweise für die Honey Trap Hypothese gibt es übrigens nicht.