Schiffe in W40k funktionieren ungefähr wie Städte, große Schiffe können wie kleine Länder funktionieren. Also es gibt Gemeinschaften unterschiedlichster Klasse und mit unterschiedlichem Zugang zu Ressourcen, die an verschiedenen Orten leben und teils wenig miteinander zu tun haben. Üblicherweise haben die Schiffe eine große Unterschicht, die mit wenig zurechtkommen muss und sehr schlecht behandelt wird. Die machen die kleinere reparaturen und groben Arbeiten. Dann gibt es Spezialisten, die geschütze bedienen und ähnliches, die werden schon gut behandelt, und schließlich die Führungsebene. Zwischen diesen Ebenen gibt es wenig Kontakt.
Und ja, die imperiale Flotte hat den Anspruch ,das hohe offiziere selbst an forderster front kämpfen und Ausseneinsätze leiten, Rouge Trader übernehmen das manchmal.
Gute Infos bekommt man in den Fabius Bile Romanen für ein CSM Schiff oder in in Execution Hour für ein imperiales Schiff.