Ist es eine Option, die vielen Dateien vorher zusammenzupacken?
So könnte man z.B. mit 7zip ein Archiv erstellen und als Kompressionsstärke nur 0 oder 1 wählen. Das wird relativ schnell zusammengepackt. Wenn es schnell genug ist, könnte man eine höhere Kompression einstellen und hätte dann sogar noch was gespart.
Und sobald das Archiv fertig ist, Namen und Datum dran und rüber auf die Platte kopieren.
Der Hintergrund: Beim Kopieren vieler kleiner Dateien gibt es eine ganze Reihe von Dateisystemoperationen, die mit der Verwaltung und nichts mit den eigentlichen Daten zu tun haben. Wenn man allerdings ein einzelnes großes Archiv kopiert, dann gibt es diese Operationen nur einmal und der ganze Vorgang kann deutlich schneller werden.
Bei mir hat es dazu geführt, dass ich Backups von vielen kleinen Dateien (bei mir: Code-Repositories) in 1% der Zeit mache, die es vorher gebraucht hat.
Ist allerdings nur "einfach" zu bewerkstelligen, wenn Du die Kopiervorgänge manuell durchführst, ohne ein Programm zu verwenden.
PS: Das ist keine Antwort auf die Frage nach einem Backup-Programm, sondern eine echte Antwort auf Dein Problem, die Dir sogar Geld sparen könnte