Ich glaube, ich würde es vielleicht so probieren: Die Charaktere suchen im Animus eine Information. Als erfahrene Historiker wissen sie natürlich, welche Ereignisse fixiert sind und welche nicht. Erstere dürfen sie nicht anrühren (wie den Metaplot bei Star Wars oder Herr der Ringe). Ansonsten schaffen sie es entweder die Information zu erlangen oder sie scheitern daran. Aber das hat nur Konsequenzen ausserhalb des Animus, solange sie in der Simulation sind wissen sie das nicht mit letzter Sicherheit.
Und so kann man ja Ketten aufbauen, eine Information führt zu einem anderen Zeitpunkt, den man per Animus besucht oder einem Ort in der echten Welt.
Mechanische Charakterentwicklung sehe ich das kaum, also eher auf Broken Compass Niveau, denn echte Menschen entwickeln sich nicht heldenartig und die Assassine im Animus erlebt man nur auf einem kurzen Abschnitt ihres Lebens.
Alternativ kann man natürlich auch nur ein Leben im Animus erleben, dann sollten aber alle Charaktere gleich relevant sein.
Das ist nicht 100%ig AC, aber vermutlich gangbar.