Joa. Theoretisch könnte ich Knowledge (religion) auf 5 bringen, dafür meine +2 auf Turn Undead kassieren und dann den Skill nie mehr anrühren. Aber irgendwie fände ich es schon besser, da ein paar Punkte mehr drin zu haben, darum steigere ich auch diesen unnützen Skill. Das wäre dann auch eben die RPG-Begründung, einen Cross-Class-Skill zu steigern: Es gehört zum Charakter - im Gegensatz zum Erwerb einer anderen Klasse.
Die Möglichkeit, cross class skills steigern zu können kann auch aus Gründen der Effektivität wichtig sein. Wie du schon sagst, wenn du auf einen oder mehrere Level Gunmage verzichtest, vergimpst du dich damit in Hinblick auf seine High-Level-Fähigkeiten. Hierunter würde es auch fallen, wenn man ein paar Skillpunkte in einem cross class skill benötigt, um eine spezielle Prestigeklasse erlernen zu können, man aber hier ebenfalls keine andere Klasse "davorschalten" möchte, um den Skill zu pushen. (Beispiel: Man ist bereits Level 10 und möchte eine Prestigeklasse erlernen, die 10 Level hat und die man unbedingt - z.B. wegen einer special ability - bis zum Ende durchziehen möchte.)
Naja. Und abseits all dessen finde ich die Möglichkeit, cross class skills zu steigern einfach dafür immens wichtig, dass das Regelsystem ein wenig "offener" ist. Auch wenn ich diese Möglichkeit nicht nutze, gibt mir das doch ein viel besseres Gefühl, wenn ich weiß, dass ich beliebig Skills steigern könnte, wenn ich denn nur wollte.