Außer der Änderung der Einstellungen (wobei ich keine vorschlagen könnte) sind das Eingriffe in das System, die den Grundgedanken von Ubuntu sprengen, da ein selbst modifizierter oder gar kompilierter Kernel und neu kompilierte Bibliotheken aus dem Paketmanagementsystem herausfallen, was sogar zu Kompatibilitätsproblemen führen kann.
Ein Ubuntu kann auch auf dem selben Rechner nicht mit einem Gentoo mithalten. Ich habe beides auf meinem Rechner installiert, allerdings habe ich keinen direkten Leistungsvergleich, da Ubuntu auf Gnome setzt, mein Gentoo aber auf XFce. Jedenfalls ist durch die Optimierung eines Gentoo-Systems dieses System in der Regel spürbar performanter. Bei Ubuntu gibt es für alle Eventualitäten vorkompilierte Pakete, die zum Beispiel mit Funktionalität belastet sein können, die du gar nicht brauchst und unter Gentoo auch nicht mitschleppst.
Robin