Bei zwei Platten ist folgendes praktikabel: steck die zweite Platte dazu, so dass Windows sie für D: halten würde. Bevor du Ubuntu installierst, änderst du im BIOS die Bootreihenfolge, so dass das System von D: vor C: (also von IDE 1 vor IDE 0) booten würde. Natürlich kann es dann erst mal nicht booten. Dann installierst du Ubuntu, das du von der CD bootest. Es wird sich auf IDE 1 installieren und auch dort seinen MBR einrichten, das heißt, der MBR von Windows auf IDE 0 bleibt unangetastet. Es wird dort auch Windows im Menü berücksichtigen. Es kann aber sein, dass du im Grub-Menü erst mal einen Rücktausch der Plattenreihenfolge eintragen musst, damit Windows so auch startet - ist aber nicht so schwierig.
Der Effekt ist der, dass du durch Tausch im BIOS oder gar per Auswahl des Bootmediums beim Hochfahren (meist ein über F8 erreichbares Menü) die Platte wählen kannst, von der gebootet werden soll. Wenn du das Windows mal neu installieren musst, sorge einfach dafür, dass IDE 0 das Bootmedium ist, dann geht auf Ubuntu-Seite nichts kaputt, ebenso verfährst du bei Ubuntu-Updates.
Robin