Ich find die Idee total cool und werde sie womöglich auch demnächst mal anwenden (nur wird meine Kampagne wohl nicht derartige Ausmaße haben). Deshalb mal ein paar Gedanken, die mir spontan einfallen:
Die Einzelnen Abschnitte müssen klar getrennt werden. Am Besten mit einem Hammerschlag, sodass für die Spieler eindeutig wird, dass das System gewechselt hat. Ein langsamer, smoother Übergang wird IMHO nicht funktionieren. Haben sich die Spieler erst einmal an ein System gewöhnt (und die Zeitspannen für einen Abschnitt, die du ansetzt, sind ja recht lang), wird der Umstieg immer schwieriger.
Ich denke, dass es wichtig ist, die Spieler am Ende mit einer ultimativen, systemspezifischen Challenge zu fordern. Hier muss das System extrem ausgereizt werden, um den Spielern klar zu machen, dass das der Höhepunkt ist, der in diesem Abschnitt erreicht wird. Das ist natürlich klar. So wirst du deine Kampagne selbstverständlich aufgebaut haben. Wichtig ist nur, dass das System hier bis an die Grenzen ausgereizt wird.
Bei Reign wird es wohl eine epische Auseinandersetzung von Companies sein, die mit einem Paukenschlag auf (und nur auf) Ebene der One Roll Company Rules abläuft.
Dann werden deine Spieler (hoffentlich) befriedigt sein, weil sie das System bis an die Grenzen ausgereizt haben. Jetzt muss ein harter Schnitt erfolgen. Wahrscheinlich wird dies nur durch eine Ingame-Erzählung möglich sein. Die Spieler müssen aus der Story heraus sehen, dass sich etwas geändert hat. Und: Zack! direkt ein Konflikt, den man nur mit dem neuen System befriedigend auflösen kann.
Wenn die Spieler das Gefühl haben, dass sie den Konflikt auch mit dem vorherigen System bewältigen könnten, dann hast du IMHO schon verloren. Nur wenn direkt klar ist, warum und wie wichtig die Einführung eines neuen Systems ist, werden die Spieler es sofort als Notwendigkeit ansehen. Das ist meiner Meinung nach ein sehr wichtiger Punkt.
Ein zu softer Übergang hat den Nachteil, dass die Spieler gewohnheitsmäßig aus Sicht des alten Systems an die ganze Sache herangehen. Das hab ich schon bei dem Wechsel von DSA Aventurien zu TSoY Aventurien gemerkt.
Noch etwas: Die Spieler sind ja mit sämtlichen Regeln schon vorher vertraut und kennen das System, oder? Ich gehe mal davon aus. Wenn das nicht der Fall sein sollte, dann würd ich das auf jeden Fall verlangen. Lernen während des Spiels geht bei so einem Projekt natürlich gar nicht.