Nach über 9 Monaten als SL mit Pathfinder kann ich sagen, dass sich die beiden Systeme nicht viel geben.
Die Feats sind teilweise stark verändert und leider starr ausgerichtet, was mir persönlich garnicht gefällt. Bei Combat Expertise oder Power Attack konnte man sich in der 3.5 die Abzüge die man nimmt bis zu einer Grenze selber aussuchen, das geht in PF laut Regeln nicht mehr(man muss sozusagen den max. möglichen Wert nehmen).
Das Skillsystem ist immernoch nicht wirklich gut (IMHO) und benötigt wie das 3.5er ordentliche Hausregeln.
Die Manöverregeln mit CMB und CMD können etwas Zeit sparen, erscheinen mir aber auch noch nicht wirklich optimal. Die Grapple-Regeln sind etwas entschlackt aber immernoch nicht wirklich gut gelöst etc.
Ich persönlich denke, dass PF einiges besser macht, aber genausoviele Dinge schlechter macht als 3.5.
Wenn man bereit ist, etwas Arbeit reinzustecken, dann sollte man sich aus beiden Systemen die Rosinen rauspicken, die einem am besten gefallen und sein eigenes 3.xx machen.
Mir persönlich würde es jetzt schwer fallen, eine eindeutige Empfehlung abzugeben.
Wenn du die 3.5er Bücher hast, spiel 3.5 und guck dir im Pathfinder SRD an, wie PF das lösst, und schau was dir besser gefällt. Nochmal Geld auszugeben, wenn man 3.5 hat, lohnt eigendlich nicht. Es sei denn du stehst auf den Bilderstil von Pathfinder.