Das hängt vom System ab. Es gibt Systeme, da sind Nachteile richtige Nachteile und werden eher ungern genommen, während in anderen Systemen Nachteile eher eine Quelle billiger Charakterpunkte sind. Besonders unbeliebt sind Nachteile, die die Trefferpunkte/Zähigkeit reduzieren oder Attribute reduzieren (etwa bei L5R 3rd Edition hab ich noch nie erlebt, dass jemand "Weakness" als Nachteil genommen hätte und das hab ich lang gespielt). Beliebt sind entweder "Rollenspiel"-Nachteile wie "Arrogant", "Jähzornig", "Ehrlich", "Ehrenkodex", wenn sie Eigenschaften repräsentieren, die der Spieler sowieso ausspielen wollte oder Nachteile, die Skills betreffen, die der Spieler eh nicht einzusetzen gedenkt. Das trifft besonders dann zu, wenn man Fachidiotencharaktere machen will.
Bei manchen Systemen sind Vorteile auch einfach immer zu speziell auf bestimmte Situationen ausgelegt. Wer kauft sich schon einen Vorteil, mit dem er im eigenen Versteck Boni auf die Würfe bekommt, wenn er 90% der Zeit auf Einsatz in Fremdgebieten ist?
Es kommt also darauf an, dass das Preis-Leistungsverhältnis von Nachteilen und Vorteilen zueinander stimmt.