Ich sehe auch kein Powergaming-Problem.
Trotzdem kurz zu den Regeln:
Er muss den Zauber erst einmal für eine klassische Variante (Adler, Wolf, Hammerhai, e.t.c.) gelernt haben. Anschließend kann er ihn dann den Regeln für Hexalogien folgend ein weiteres Mal lernen. Wenn er keinen Lehrmeister für die Variante mit der Stubenfliege findet (ganz sicher kein klassischer Elfenspruch und recht selten bei Gildenmagiern) muss er den Spruch selbst entwickeln und anschließend zu gesteigerten Kosten erlernen und steigern.
Der Armatrutz klappt natürlich. Erschwert aber die Probe auf den Verwandlungszauber um +3 (+1 mit Simultanzauberei) und hält nicht ewig.
Zu möglichen Problemen:
Die Wahrnehmung durch Komplexaugen dürfte für den menschlichen Geist im höchsten Maße verwirrend sein. Daneben sind Probleme mit zusätzlichen Gliedmaßen eher maginal. Du hast hunderte Augen. Dazu ein ganz anderes Farbspektrum. 10 (8, wenn man die Halteren nicht mitzählt) anstelle von 4 Gliedmaßen zu koordinieren, u.s.w.
Und alles was Schadenspunkte macht, oder mehr Trefferpunkte als der Magier Armatrutz gewirkt hat, bringt den Magier fast automatisch und sofort um. Davor solltest Du den Charakter warnen. Verschlucken wurde ja auch schon genannt, dass ist ein großes Problem. Und Fliegen haben viele Feinde. Fröschen kann man ausweichen. Vögeln nicht. Und dann im Magen eines Vogels zu sitzen und zu hoffen, dass der Armatrutz länger hält als der Adlerschwinge und der Vogel nicht gerade fliegt, wenn die Verwandlung endet...
Die Verwandlung in eine Stubenfliege ist geradezu hirnrissig riskant, und das solltest Du dem Magier klar machen. Deshalb glaube ich auch nicht, dass viele Gildenmagier den Spruch kennen, um ihn beizubringen. Ich würde ihm anbieten die AP zurück zu bekommen, um etwas in einer vernünftigen Größe zu lernen. Wenn er Deine Warnungen diesbezüglich in den Wind schießt solltest Du ihn zwar auch nicht bei nächster Gelegenheit vorsetzlich und willkürlich so umbringen. Aber er könnte sich dann wenigstens nicht mehr all zu sehr beschweren.