Ein paar Anmerkungen von mir (aber Vorsicht, ich bin ein Trek-n00b):
Dass Aliens einfach so einen Aspekt mehr haben, als normalmenschliche Charaktere, finde ich nicht so schön. Warum soll für einen Spezies-Aspekt keiner der fünf Aspekte hergenommen werden?
Bei den Fertigkeiten hab ich mit der Abgrenzung zwischen Crafts, Crime, Engineering, Ops, Sabotage und Security meine Schwierigkeiten. Da tut die eine Fertigkeit Dinge, die dem Namen nach genauso gut die andere tun könnte, und ich muss ständig nachschlagen.
Im Kampf müsste man testen, ob die hohen Waffenschäden bei gleichzeitiger Nichtexistenz von Rüstung funktionieren. Die häufigste Konstellation (Phaser gegen Gegner ohne Rüstung, also +2 Shifts Schaden) ist schon recht tödlich. Evtl. gleicht sich das aber durch die schnellere Heilbarkeit physischer Konsequenzen wieder aus. Wenn Kämpfe dank der Waffenschäden etwas schneller gehen, als nach vanilla Fate Core, finde ich das grundsätzlich gut!
Im Raumkampf sind +5 Shifts Schaden bei einem Schiff der Enterprise-Klasse extrem krass, aber vielleicht wird das dadurch ausgeglichen, dass ein getroffenes Schiff Stress auf zwei Stressbalken aufspalten darf - das müsste ausgiebig ausprobiert werden! Die Regel mit dem Stress für Charaktere bei Schiffstreffern finde ich cool. Die "Umleitung" auf NSC könnte in zuviel Buchhaltung ausarten, wenn für jeden NSC auf der Brücke Stress gezählt werden muss. Ich würde deshalb vorschlagen, dass ein NSC gleich ganz ausgeschaltet wird, wenn er Stress absorbieren soll, dafür vielleicht die Fate-Punkt-Kosten streichen (und evtl. festlegen, wieviel NSC-Crewmitglieder Platz auf einer Schiffsbrücke haben).
Die Regel für Phaser auf Stun bedeutet, dass ein einziger erfolgreicher Angriff plus ein Fate-Punkt oder ein einziger Volltreffer einen Gegner einfach so ausschalten. Damit wird das Konfliktsystem m.E. weitgehend ausgehebelt. Der Gamer in mir würde (außer gegen namenlose Mooks) nur noch auf Stun schießen. Ich würde Stun lieber über Konsequenzen handhaben.