Storynachteile oder gar Nachteile die man bezahlen muss weil sie ja im Abenteuer Erfahrungspunkte generieren finde ich sehr grenzwertig. Das liegt aber sicherlich auch daran das unsere Gruppe monatlich und dann derzeit noch fertige Abenteuer spielt. Wenn es da keine spezifischen Nachteile für das Abenteuer gibt, etwa bei den Pathfinder Adventure Paths gegeben, bekommt man eben keine zusätzlichen Erfahrungspunkte. Hinzu kommt das bei uns alle Charaktere auf den gleichen Erfahrungspunkte Stand gehalten werden. Das hat sich bei uns bewehrt weil ansonsten Beruf, Familie und andere Verpflichtungen zu große Unterschiede der Charaktere erzeugen würden.
Bei TSoY ist die Idee, dass die Handlung aus den "Keys" der SCs erwächst. Da gibts entsprechend auch keine vorgefertigten Abenteuer. Du hast natürlich recht, dass sich diese Ansätze mit fertigen Abenteuern beißen, es sei denn, die liefern unmittelbar ihre Protagonisten mit, wie z.B. Lady Blackbird.
Bei Nobilis werden Nachteile, die man bezahlen muss, noch auf andere Weise nützlich: Sie geben entweder Boni oder erzeugen automatische Wunder, um nicht einzutreten. Also wenn man "Nicht Lügen" kann, dann gibts Boni gegen jeden Versuch den Charakter zum Lügen zu bringen. Das macht den Charakter dann vielleicht zu einem gefragten Boten.
Im Grunde ist das aber mit allen spielmechanischen Eigenschaften so. Wenn ich Seefahrt skille, aber die Handlung in der Wüste spielt, hat das gleichartige Konsequenzen.
Daran sieht man auch, dass "Nachteil" eine ziemlich schwammige Sache ist. Man kann natürlich aus Sicht des Charakters argumentieren, aber das ist zum Design von Regeln nicht nützlich. "Erzfeind" ist aber für die Spieler*in eigentlich kein Nachteil, denn Gegner gibts im Spiel sowieso. Wenn das dann der persönliche Erzfeind ist, umso besser.
Ebenso sind Nachteile, die Abzüge auf bestimmte Attribute/Fertigkeiten geben (also r_d_w's Kategorie 1) ja äquivalent zu einem Bonus in allen nicht-benachteiligten Bereichen. Für mich erscheinen, die deshalb häufig etwas drangeklatscht. Meistens werden sie deshalb nur genutzt, wenn es die Spezialisierung eines Spielwertes betrifft (also es gibt einen Wert für Wahrnehmung, wir manipulieren jetzt "Sehen") oder wenn sie in gewisser Weise Spezialisierungen bei mehreren Werten betrifft ("vs. Orks").
Bei Vorteilen gibts noch das Modell, dass Spielwerte über ein sonst mögliches Maximum, erhöht werden. Absenkung des Maximums bei Nachteilen ist aber unnütz.