Das Problem mit Warhammer ist nunmal, dass es WARhammer ist. Als man das Setting entwarf war es nur als Fluff für ein tabletop, ein Kriegsspiel, gedacht. Es ist in sich absolut unlogisch. Realistisch betrachtet dürfte es 40k nicht geben, weil bereits im Fantasy-Setting die Menschheit ausgerottet sein müsste. Die Geschichten sind zu überspitzt und einfach nur noch lächerlich. Deshalb für mich als Fluff für ein RPG auch nicht zu gebrauchen. Beim tabletop brauch ich den Fluff nur um mir eine Themengebundene Armee aufzubauen, für alles andere ist er mir schlichtweg egal.
Was den Indiana Jones Vergleich angeht: Indie spielt zwar zur Nazizeit und er trifft auf Nazi-Mystiker, aber weder der Krieg, noch der Nationalsozialismus sind das zentrale Thema von Indiana Jones, daher kann man das auch am Rand betrachten. Indie brauchte halt ein paar bad-ass-Bösewichte und die Autoren haben mit den Nazis welche gefunden. Der Völkermord bei warhammer ist nun mal zentrales Thema, es geht um 40000 Jahre Krieg, da gibt es keinen Unterschied. Es ist und bleibt ein Setting des Völkermordes und daher imho für ein RPG ungeeignet. Ist alles Geschmackssache, aber ich finde es einfach albern. Und dieses Setting ohne Völkermord... dann kann ich weiterhin D&D spielen, da kann ich mir auch einen Gott namens Sigma schreiben und ein pöhses Chaos gegen das man kämpfen muss. Die warhammer-Welt ist kein Platz für Helden (tatsächlich sieht man die besonderen Charaktermodelle selbst bei uneingeschränkten tabletop-Spielen eher selten, das Setting will Armeen, keine Helden).
Nur meine Meinung, spielt was ihr spielen wollt, vielleicht hat das warhammer-RPG ja ein total gutes Regelwerk, keine Ahnung, aber das Setting hat nun mal mit diesen Schwierigkeiten zu kämpfen.