Es geht also nur darum, dass das Alienschiff nicht als solches identifiziert wird?
Da stehen deine Karten schonmal deutlich besser, als wenn es überhaupt nicht entdeckt werden dürfte.
Vorweg, ich kenne mich mit Traveller auch nicht näher aus, aber ich weiss schonmal, dass es sich dabei nicht direkt um Hard SF handelt.
Kommt aber wohl auch drauf an, wie "hart" ihr jetzt spielen wollt.
Wie dem auch sei: hinter einem Mond verstecken geht nicht, weil das Schiff dann schon in einen Orbit _um_ den Mond einschwenken müsste, es würde also ständig drum herum kreisen. Außer, man würde die Antriebe die ganze Zeit laufen lassen, um den Mond zwischen Planet und Schiff zu halten, aber das wiederum dürfte die Aufmerksamkeit aller anderen Beobachter im System erregen.
-Die Außenhülle des Schiffs massiv verändern, durch gängige Materialien. So das es aussieht wie ein x beliebiges normales Schiff
Das hier ist eine exzellente Lösung. Da es im All ja keinen Luftwiderstand gibt, ruiniert man sich mit Anbauten auch nicht die Aerodynamik.
Man könnte z.B. mit Aluminiumrohren ein Gerüst in der gewünschten Form um den Rumpf herumbasteln, und das dann mit Alufolie bespannen. Schwupp, sieht das hochmoderne Schiff aus wie ein 100 Jahre alter Eisenhaufen.
Allerdings wäre dann noch -- wenn ihr auf solche Details Wert legt -- darauf zu achten, ob nicht auch die Triebwerkssignatur stark verräterisch wäre. Mit relativ einfachen (heute schon verfügbaren) Sensoren kann man Parameter wie Triebwerksleistung und Ausströmgeschwindigkeit problemlos bestimmen -- wenn also das Alienschiff viel bessere Triebwerke hat, und ihr die normal einsetzt, bliebe das einem Beobachter nicht verborgen.
Aber die gute Nachricht: so fortschrittliche Triebwerke dürften sich relativ problemlos auf ein unverdächtiges Niveau drosseln lassen.
Traveller hält sich ja wohl eher nicht mit so "Banalitäten" wie Treibstoff und Masseverhältnis auf.