Hm, ist natürlich schwierig, eine Phantasietechnologie auszutricksen, von der nichtmal etabliert ist wie sie funktionieren soll. Das einfachste wäre natürlich eine andere Phantasietechnologie, etwa einen "Scanner Wave Scrambler".
Jedenfalls wüsste ich keine _glaubhafte_ Technologie, mit der man einem Frachtschiff von außen ansehen könnte, was es geladen hat. Per Röntgen durchleuchten, das könnte gehen, und so käme man vielleicht Waffenschiebern auf die Schliche. Aber damit kann man nicht z.B. Puderzucker von Kokain unterscheiden.
Sowas wie eine Röntgendurchleuchtung könnte man natürlich durch entsprechende Abschirmung verhindern -- aber dann merkt der Scannende auch sofort, dass abgeschirmt wird. Auch bei einer Phantasiekonstellation wie "Scanner vs Scrambler" wäre es am plausibelsten, wenn der Scannende nur Datenmüll ausliest, und das erweckt natürlich genauso Verdacht.
Also, wenn es sowieso um Tore (und somit Flaschenhälse) geht, was spricht dann dagegen, dass Zollschiffe andocken und Beamte die Ladung "von Hand" prüfen? Dem wiederum könnte man durch geheime Schmuggelabteile entgegenwirken, ganz klassisch wie beim Millenium Falcon.
Alternativ vielleicht so:
Soll: Container im interplanetaren Verkehr müssen elektronisch versiegelt sein. Das elektronische Siegel gibt es am Abflugort nach Prüfung der Ladung durch dortige Behörden. Wird der Container manipuliert, markiert sich das Siegel als ungültig. Jeder Siegel-ID ist das zugehörige Frachtmanifest zugeordnet, sodass man bei Auslesen dieser ID sofort abrufen kann, was drinsteckt.
Ist: in der Praxis lassen sich diese Siegelgeschichten durchaus austricksen; z.B. indem gefälschte IDs den Datenabgleich auf illegale Server umleiten. Es besteht aber eben das Risiko, dass das auffliegt.
Dann wäre aber auch noch die Frage, warum man sich den ganzen Ärger mit den Scannern an den Toren macht, und die Ladung nicht einfach händisch kontrolliert wird, wenn sie am Zielort ausgeladen wird.
P.S.: kleiner Nitpick: ob es in Firefly FTL-Antriebe gibt, ist afaik nicht etabliert. Ich glaube, Whedon hat auf Nachfrage mal gesagt, die Schiffe flögen mit "Speed of Plot".