Grundsätzlich ist es mir egal, ob es original in dem System geschrieben oder dahin portiert wurde. Es spricht für mich nichts dagegen, dass auch ein portiertes Setting toll mit dem anderen System und auch besser als mit dem Grundsystem funktioniert. Im Zweifelsfall würde ich aber die Version wählen, auf dessen Regelkern ich am meisten Lust habe - sei es, weil ich das System einfach mag, oder, weil ich es für das Setting als besonders geeignet betrachte. Je nach Systemauswahl kann sich das schon recht unterschiedlich anfühlen.
Ich möchte mal zwei Beispiele aufführen, die ich beide gelesen habe. The Widening Gyre hast du ja schon genannt, Space 1889 gibt's neben dem ursprünglichen System (wie auch immer das hieß) für Savage Worlds und Ubiquity.
The Widening Gyre ist zwar nicht schlecht portiert worden, allerdings habe ich an Regelkram für meine Runde schlussendlich fast gar nichts (genauer: ein Handicap) aus dem Setting mitgenommen. Sehr vieles davon ist letztendlich Kram aus dem Grundregelwerk, was dann angewandt wurde, aber eventuell gar nicht zu der Runde passt. An anderen Stellen merkt man schon, dass die Autoren von einem anderen System kommen (kommentarloses Einführen von Fertigkeitsspezialisierungen, ausufernde Liste von wahrscheinlich nutzlosen und überflüssigen Wissensfertigkeiten). Das hat dann letztendlich dazu geführt, dass ich das Setting eben für das Setting der Runde genommen habe, mir aber für regeltechnische Sachen andere Settings angeguckt habe.
Space 1889: Red Sands wiederum ist von Pinnacle selbst portiert worden und führt neben Anpassungen von Talenten und Handicaps auch settingspezifische Regelmechaniken ein, um die Stimmung besser einzufangen. Das ist echt gut gemacht, sodass ich da ein bisschen von dem Regelkram geklaut habe, den ich eben sehr vermisst hätte, wenn ich nur mit The Widening Gyre spielte. Das Setting wiederum geht für die Runde gar nicht klar.