Durch einen "Unfall" auf einer Station auf der Insel kommt es zu einer Entladung (ob EMP, Gravitationswelle, Raumzeitschock oder was auch immer, ist bisher ungeklärt), die das Flugzeug auf der Insel abstürzen lässt. Die Überlebenden des Absturzes denken zunächst, die Insel sei unbewohnt und versuchen daher, ihr Überleben auf der Insel zu sichern (Süßwasser suchen, Jagen etc.). Dabei bemerken sie, dass etwas mit der Insel nicht stimmt.
Jetzt gibt es im Prinzip zwei Handlungsstränge, die erst später zusammenlaufen:
1. Handlungsstrang: Die Anderen
Als Sayid die Gruppe verlässt, um die Insel zu erkunden, erfährt er, dass sie nicht alleine auf der Insel sind: Es gibt eine Französin Danielle Rousseau, die die einzige Überlebende eines Schiffsunglückes ist. Diese erzählt Sayid, dass "Die Anderen" auf dieser Insel leben (und ihre Gefährten getötet hat). Daher hat Danielle überall auf der Insel Fallen aufgestellt, um die Anderen daran zu hindern, sie auch noch zu erwischen. Sayid kann die Französin davon überzeugen, dass er keiner der "Anderen" ist und kehrt zur restlichen Gruppe zurück, um diese zu warnen.
Es kommt zu Feindseligkeiten zwischen den beiden Gruppen. Letztendlich werden einige der Überlebenden entführt und der Arzt unter den Entführten, wird gezwungen, den Anführer der Anderen Ben zu operieren, da dieser unter einem Tumor leidet.
Dabei erfährt der Zuschauer, dass es auch unter den Anderen viele Meinungsverschiedenheiten gibt und einige nicht damit zufrieden sind, dass Ben der Anführer ist. (Juliett zum Beispiel verspricht dem Arzt, dass sie ihn und die restlichen Gefangenen laufen lässt, wenn er bei der Operation Ben sterben lässt.)
Naja, letztendlich wird Ben erfolgreich operiert und die Gefangenen können entkommen, wobei Juliett sich den Überlebenden anschließt.
2. Handlungsstrang: DHARMA-Initiative
Locke, einer der Überlebenden des Flugzeugabsturzes, war früher gelähmt, wurde von der Insel aber auf wundersame Weise geheilt. Er hält die Insel daher persönlich für eine Art Offenbarung und heiligen Ort. Er versucht die restlichen Überlebenden davon zu überzeugen, dass die Insel in Wirklichkeit ein wunderbarer Ort ist und quasi die Erlösung von allen weltlichen Problemen. (Bei einigen mit mehr, bei anderen mit weniger Erfolg.)
Bei einem seiner Wanderungen durch die Insel, stolpert er über eine Stück Metall im Boden.
Er fängt mit einem Freund an, dieses Metallstück auszugraben und es kommt heraus, dass dieses Metallstück eine Luke ist, die zu einer unterirdischen Station führt. Die Luke ist jedoch verschlossen. Daraufhin beschließt er, die Luke zu sprengen, um zu erfahren, wo sie hinführt.
In der unterirdischen Station finden sie einen verwirrten mann namens Desmond vor, der alle 108 Minuten eine Zahlenkombination in den Copmputer eingeben muss, weil sonst "die Welt untergeht". (Der Mann ist wie gesagt extrem verrückt und nimmt regelmäßig Aufputschmittel, um nicht länger als 100 Minuten zu schlafen.)
Letztendlich kann er die Überlebenden aber davon überzeugen, für ihn jetzt regelmäßig alle 108 Minuten den Zahlencode einzugeben.
In der Station gibt es ein Einführungsvideo der Dharma-Initiative, die diesen Bunker auch gebaut haben.
Es stellt sich im Laufe der Serie heraus, dass es noch mehrere solcher Stationen gibt, die alle eine andere Aufgabe haben.
Irgendwann wird es den Überlebenden zu blöd, alle 108 Minuten den Knopf zu drücken und sie verzichten drauf. Draufhin gibt es eine gewaltige Explosion, die die Station vernichtet und auch außerhalb der Insel zu messbaren Erschütterungen führt.
Diese bekommt Charles Widmore ein Konkurrent von Ben mit. Er sendet daraufhin ein Schiff mit einer Söldnermannschaft, die den Auftrag hat, Ben gefangen zu nehmen und von der Insel zu schaffen. Das Problem ist, dass diese Söldner extrem skrupellos sind und alles abknallen,w as sich ihnen in den Weg stellt. Dabei ist es ihnen egal, ob der Gegenüber jetzt einer der Anderen oder ein Überlebender des Flugzeugabsturzes ist.
Ansonsten noch nebenbei:
- Der Zuschauer erhält Hinweise, dass die "Anderen" früher mal einen Friedensvertrag mit der Dharma-Initiative hatten, diese aber aus irgendeinen Grund gebrochen haben und die Leute von der Dharma-Initiative getötet haben.
- Locke fühlt sich dem Naturverbundenen Leben der "Anderen" sehr nahe und will sich ihnen anschließen. Ben sieht in Locke jedoch einen Konkurrenten, der das Zeug zu einem Anführer hat und erschioeßt ihn jedoch. (Doch genau wie Ben ist auch Locke auf dieser Insel unsterblich und überlebt den Schuss.)