Wenn du Rückkopplungen zwischen Mikro und Kompfhörer kriegst, heißt das, dass beide ordnungsgemäß funktionieren, was das Betriebssystem angeht. Sonst könnte ja keine Rückkopplung entstehen. Du solltest das über die Mixer-Einstellungen regeln können.
Bei Skype handelt es sich dann vermutlich um eine Einstellungssache in Skype selbst. Damit kenne ich mich nicht aus, aber wenn du es unter Windows einsetzt, kannst du vielleicht die Einstellungen mal vergleichen.
Robin