Ich denke Slayn hat Recht, man sollte das eher daran festmachen, welche Art Spiel geplant ist. Bei Planescape/extraplanaren Abenteuern sind Manual of the Planes sowie Planar Handbook sehr nützlich, für Untoten-Kampagnen würde ich zu Libris Mortis und Heroes of Horror greifen, wenns gegen Drachen geht haben wir Draconomicom und Dragon Magic. Wenn universell gewählt werden muss, würde ich auf jeden Fall PHB2 und die Complete Reihe ins Auge fassen, auch wenn da ein paar böse Patzer dabei sind.
Bei den Setting-spezifischen Bänden sind auch Sachen dabei, die man sehr gut in anderen Spielen verwenden kann. Sharn, City of Towers hat einige coole Sachen die man in allen größeren Städten verwenden kann, das Explorer's Handbook hat Regeln für magische Luftschiffe, Power of Faerun kann nützlich sein wenn die Spieler mehr Politik machen oder ihr eigenes Königreich aufmachen wollen (wobei das Buch etliche Captain Obvious Kapitel hat).
3.0 hatte einige Bände, die auch später recht populär geblieben sind... Book of Vile Darkness, Epic Level Handbook ("The Jokebook"), Stronghold Builder's Guide, oder Ghostwalk. Für Charakteroptionen gab es unter 3.0 eine Reihe von Softcovern (Tome and Blood, Sword and Fist, usw.), die bei einem reinen 3.0 Spiel sehr lustig sind um die überschaubare Anzahl an Optionen zu erhöhen. Einiges wurde in anderen 3.5 Bänden weiterverwendet, etliches nicht.