WIndows 7 Suche indiziert auch PDFs, sofern Adobe Reader oder PDF X-Change Viewer installiert ist. In den Indizierungsoptionen (Systemsteuerung) kannst Du genau regeln, welche Ordner durchsucht werden und welche Dateien nach Inhalt indiziert werden.
Zum Ordnen von Daten empfiehlt sich OneNote, welches in Office Home&Student 2007/10 mit dabei ist, sofern verfügbar. Andernfalls ist Evernote eine gute Alternative.
Bei der Menge an Daten wirst Du aber in jedem Fall Hand anlegen müssen, egal was Du machst.
yEd und Mindmapper sind genannt worden, ich benutze neben yEd noch XMind, sind beide kostenfrei.
Hab noch ein Bild von OneNote mit angehängt, in dem die Struktur hoffentlich ersichtlich ist.
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