Was meinst Du denn mit 'in Ebenen sortieren'?
Meiner Erfahrung nach kann man mit Graphviz allgemein nicht gut sortieren. Immer wenn ich wollte das Graphviz bestimmte Elemente in einer bestimmten Reinfolge darstellt (also Box A oben, darunter Box B, ...) habe ich unsichtbaren Punkten und Linien (style=invis) hinzuzufügen und dann noch mit der Gewichtung rum experimentiert.
Ansonsten gibt es da noch das rank Attribut...