Mich würde deine Rechnung dahinter interessieren.
Denn auch die Bonuswürfel sind stark unterschiedlich gewichtet, da Resistenzen gegen die verschiedenen Schadensarten doch stark unterschiedlich sind.
Ich teste die Zahlen mit einem im Internet aufgetriebenen Google-Sheet, aber die Rechnungen lassen sich auch von Hand leicht nachvollziehen:
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1A1vaJUEXymfv-a6rt3lKJnpMDBTQGhpQOCqvC9G2uRs/edit#gid=4Der von dir angesprochene Punkt mit den Resistenzen ist gerade der Knackpunkt. Kurzfassung: VOR der Betrachtung von Resistenzen und Crits liegen Plusse und Bonuswürfel nahezu gleichauf, mit miniminimalem Vorteil für die Würfel.
Beispielrechnung:
Charakter mit +1 Waffe, Angriff +10 und, der Einfachheit halber, 20 Durchschnittsschaden (2d6+6Str+6PA+1), greift an gegen AC 21:
Trefferchance 50% --> DPR 10
Jetzt hat der Charakter die Wahl, die Waffe entweder auf (A) +2 aufzubohren oder (B) +1d6 Energieschaden draufzutun.
A: Trefferchance 55%, Schaden 21 -> DPR 11,55
B: Trefferchance 50%, Schaden 23,5 -> DPR 11,75
Wenn wir aber jetzt noch Crits mit einrechnen, dreht sich das Blatt schon, da in PF nur noch sehr wenige Gegner Crit-immun sind.
Umgekehrt sind recht viele Gegner immun gegen Feuer, Kälte oder Blitz -- diese Energietypen sollte man also von vornherein ignorieren.
Das ist jetzt noch _vor_ Crits (wirken sich zugunsten der Plusse aus) und _vor_ Resistenzen (wirken sich zuungunsten der Würfel aus).
Und das geht jetzt schon gegen eine relativ hohe AC (als Nahkämpfer sollte man normalerweise deutlich öfter als nur jedes zweite Mal treffen).
Vergleichen wir mal ein paar Stufen weiter rauf:
BAB 8, Str +6, Power Attack -3, Waffe +1, dazu läuft ein Inspire Courage mit +2/+2 --> Angriff +14/+9; Schaden 2d7+21 = 28
DPR gegen AC 21 = 35,42 (Full Attack mit Crits 19-20/x2 eingerechnet)
A: Waffe auf +3 --> DPR 44,55
B: Waffe +2d6 --> DPR 43,47
Der Unterschied kommt vor allem daher, dass sich das Plus beim Iterativangriff (schlechtere Trefferchance) günstiger auswirkt.
Das sind bis jetzt zwar noch keine Welten, aber bereits jetzt sehen wir, dass die Bonuswürfel langsam anfangen zu stinken. Und das ist _immer noch_ vor Berücksichtigung von DR oder Resistenzen!
Der gleiche Kampf gegen ein Viech mit DR5/Cold Iron dreht das Ergebnis unverrückbar zugunsten der Plusse: +3 überwindet DR/Cold Iron, während die +2d6 zwar nicht der DR unterliegen, aber der Grundschaden sehr wohl.
A: DPR 44,55
B: DPR 37,15
Und wenn es jetzt noch ein Gegner ist, gegen den die Bonuswürfel nicht zählen, weil er z.B. Feuer- und Kälteimmun ist oder er nicht gegen Holy-Schaden empfänglich ist --> wiwiwi (hier bitte Pacman-Abnippelsound einfügen).
Kurz, es ist eine sehr einseitige Geschichte: alles Mögliche kann den Nutzen von Bonuswürfeln negieren oder reduzieren, aber Plusse sind immer einfach nur gut.
Für Gegenbeispiele muss man sich schon tief in die Grabbelkiste bücken, aber natürlich kann man da was konstruieren: etwa Gegner die besonders verwundbar gegen Energie X sind, oder Gegner die leicht zu treffen sind und genau so viel HP haben, dass sie durch Bonuswürfel geoneshotted werden aber durch Plusse nicht -- naja. Oder Schwärme die von Waffen gar keinen Schaden nehmen aber vom Energiepart sehr wohl -- aber auch da ist das nur ein ziemlich kläglicher Notbehelf.
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Andere Waffenverzauberungen sind davon jetzt erstmal unberührt; erstmal müssen wir hier bei der Frage "Plus oder Würfel" auf einen gemeinsamen Nenner kommen, sonst reden wir nur aneinander vorbei.
Was speziell Spell-Storing angeht: ist natürlich ein Sonderfall, und potentiell sicherlich extrem nützlich, wenn man den richtigen Zauber gegen den richtigen Gegner einsetzt. Damit sich das rentiert, müsste es schon ein harter Debuff sein, den man anders nur schwer anbringen kann. Das setzt schon einiges an Planung voraus. Was mir zum Beispiel ad hoc einfiele: Touch of Idiocy, gegen einen Spellcaster. Normalerweise müsste der Wizard da selber in den Nahkampf gehen und das will er nicht -- so kann der Fighter die Drecksarbeit erledigen.
Ob man für diese extreme Situationalität nun einen +1 Bonus bezahlen will... naja, sagen wir so, ich hab sowas noch nie im Spiel angewendet gesehen.