Ich würde sagen, die einzige Chance, es so zu drehen, dass eine so extremistische/brutale Fraktion die "Guten" sind, ist das Bezugssystem gewaltig zu verschieben:
In einer Welt, die auch nur annähernd irgendwie ist wie unsere, klappt das mit einem (halbwegs) modernen Verständnis von "gut" nicht so wirklich. Egal wie man es dreht, sowas wäre einfach eine arrogante Fraktion, die sich für "gut" hält, nicht mehr.
Deshalb muss, damit so etwas denkbar ist, vermutlich die Welt extrem abgefuckt sein, vermutlich in sich selbst "böse", so dass die extremen Taten der (vergleichsweise) Guten das rechtfertigen.
Mal irgendwas doofes aus den Fingern gesaugt:
Die Welt ist eine Maschine, von einem uralten Gott erschaffen, die nur dazu da ist, Seelen zu produzieren, denen in einem (vergleichsweise) kurzem Leben in einem menschlichen Körper "Substanz" zu geben damit sie nach dem Tod jenes Körpers im Kern der Welt der Maschine Energie zuführen können. Wenn die Maschine jemals genug Energie erlangt, wird sie sämtliche Universen auslöschen, weil der uralte Gott nur nach dem Ende seiner Existenz strebt.
Man könnte(!) nun argumentieren, dass die Fraktion, welche sich selbst (und davor erstmal alle anderen) opfern will, um millionenfach größere Vernichtung zu verhindern - indem ALLE Menschen auf dieser Welt ausgelöscht werden, so dass keine Nachkommen mehr da sind, in welchen die Seelen Substanz gewinnen können - tatsächlich die "Guten" sind, vergleichsweise. Die "Bösen" sind nun die egoistischen Menschen, welche das nicht so toll finden - von harmlosen Passanten bis zu aktiven Paktiereren des genannten uralten Gottes.
Das Setting definiert also Menschen quasi als Batterien des Todessterns, so dass die Auslöschung selbiger als "gut" zählen könnte, wenn man beide Augen zudrückt und ignoriert, dass die Batterien völlig unschuldig sind und Familien haben.
Ich vermute, wenn man in Richtung eines solchen extrem in eine Richtung verschobenen Settings denkt, mag es leichter sein, wie gesagt, mit zudrücken beider Augen, eine solche extreme Fraktion als "gut" zu rationalisieren.
Natürlich darf man nicht genau hinschauen, weil sich dann natürlich gut und böse in grau aufzulösen beginnen und die Sache nicht mehr annähernd so einfach ist. Gut und Böse sind einfach völlig blödsinnige und subjektive Konzepte, die objektiv (also von außen) gesehen, keinerlei Sinn ergeben und nur innerhalb einer Gruppe benutzt werden können.