Ich spiele fast wöchentlich mit Maptool und ich leite damit auch seit 2015 eine fortlaufende Kampagne. In der Zeit ist es noch nie vorgekommen, dass ein Token "aus Versehen" weggekommen ist. Vielleicht tröstet das
Allerdings ist es grundsätzlich schon so, dass man die Token inkl. Werten sichern muss. Denn wenn man sie nur in der Kampagnendatei hat, diese oder die Token löscht oder überschreibt, dann sind die Werte weg.
Sichern kann man entweder, indem man z.B. wichtige/häufiger wiederkehrende (NSC-)Token exportiert und sichert (können dann ja per Drag&Drop einfach wieder von der Festplatte auf die Karte gezogen werden) und indem man die verwendete Kampagne auch immer mal wieder zwischendurch sichert. Denn dort sind sie dann ja auch enthalten.
Es gibt übrigens auf der Drachenzwinge und auch bei Youtube einige sehr gute Anleitungen rund um Maptool, die sicherlich einen Blick wert sind, wenn du es regelmäßiger verwenden willst!