Ich würde rein spontan antworten: Vorsicht, die einzelnen Farben sind nicht automatisch so was wie unversöhnlich verfeindete Kriegsparteien. Schließlich können Spieler ja sowohl in ihren Decks beliebig mischen als auch gegen andere Spieler mit gleichfarbigen Decks antreten (wenn ich beispielsweise mono-grün spiele und mein Gegner auch, dann heißt das ja auch nicht, daß wir spontan das Kriegsbeil begraben und Frieden-Freude-Eierkuchen herrscht, sondern nur, daß sich unsere jeweiligen Elfen, Bestien, und was-auch-sonst-immer halt mal gegenseitig an die Gurgel gehen), und auch im Fluff gibt's durchaus "gemischte Gesellschaften" und Freund-Feind-Beziehungen über alle Farbgrenzen hinweg.
Letzten Endes liegt die Hauptbedeutung der Farben halt einfach darin, welche Art von Mana ich als Spieler brauche, um welche Karten und Effekte ausspielen zu können, und Unterschiede darin, was jede einzelne Farbe so typischerweise als Tricks zur Verfügung gestellt bekommt, dienen in erster Linie dazu, sie sich auch angemessen unterschiedlich anfühlen zu lassen (wozu wäre die Unterscheidung auch gut, wenn sie eh alle dasselbe könnten?). Die selbst nicht aktiv zaubernden Bewohner der einzelnen Settings müssen sich dazu der Unterschiede gar nicht einmal bewußt sein, und selbst die meisten Zauberer sehen sie vermutlich eher mystisch-verbrämt durch ihre jeweilige eigene Brille.