In einem gut regierten Imperium würden sie in dieser Form mehr schaden als nützen.
In dem korrupten, überbürokratisierten, fanatischen Imperium erfüllen Sie eine wichtige Funktion als Korrektiv, in dem Sie durch Furcht moderierend wirken. Ausserdem sind in manchen Fällen einfach extreme Maßnahmen notwendig, damit es nicht noch schlimmer wird (Enslaver, Tyras, extreme Chaos Ausbrüche auf Planeten etc.)
Die absolute Autorität der Inquisitoren zeigt jedoch anscheinfnd auch öfters extreme Auswüchse. Ich denke jedoch eine verbesserte Innere Überwachung der Inquisition wäre angebracht. So eine Art Inquisitoren die über Inquisitoren richten.