Abgesehen von den grundlegenden Unterschieden zwischen den Regelsystemen (wobei ich die Grundkomplexität als ähnlich beschreiben würde) kommt mir M-Space ein bisschen offener und flexibler vor, was natürlich vor allem an dem Karriere-Erschaffungssystem von Traveller liegt (das mir sehr gefällt, aber es sind schon auch viele Settingerwartungen darin integriert). Ich glaube, Raumschiffbau und Systementwicklung sind bei M-Space weniger ausgearbeitet (habe mir diese Bereiche bei beiden Systemen aber nie näher angeschaut).
Bei M-Space muss man evtl. ein bisschen mehr Ideen selbst an das System herantragen, es ist in meinen Augen noch mehr Universalsystem, kann dafür dann aber auch ganz locker alles von Star Wars über Star Trek bis Hard SF, ich glaube, Traveller würde da am Star-Wars-Ende mehr knirschen.
Im Companion gibt's dann auch ein sehr gelungenes Lifepath-Erschaffungssystem, das mir etwas offener als bei Traveller vorkommt.
Insgesamt würde ich es einfach davon abhängig machen, welcher Würfelmechanismus (w100 oder 2w6) einem mehr liegt.