Eine gute Möglichkeit, einen Antagonisten aufzubauen, ohne dass die Spielercharaktere ihn vorzeitig eliminieren, ist meines Erachtens, dass der Bösewicht zwar bekannt ist, aber erst einmal unerreichbar ist - entweder räumlich weit weg, oder die Charaktere (und deren Spieler) wissen, dass sie noch etwas erledigen müssen, bevor sie sich mit ihm anlegen können.
Beim "Kleinen Hobbit" zum Beispiel ist der Einsame Berg von Beutelsend aus gesehen am anderen Ende der Karte, und überhaupt erstmal dorthin zu kommen, ist schon ein großer Teil des Abenteuers. Dabei vergehen zwei Drittel der Geschichte, bevor Oberbösewicht Smaug bemerkt, dass die Protagonisten überhaupt existieren, während er gleichzeitig als Ziel und Bedrohung gleichermaßen ständig präsent ist (auch wenn mir nie klar war, wie die Zwerge, die vor jeder Bedrohung davonlaufen oder von Gandalf rausgehauen weden müssen, jemals gehofft haben, einen leibhaftigen Drachen zu besiegen).
Letzteres - die Protagonisten sind am Anfang so unwichtig, dass der Bösewicht sie gar nicht bemerkt - ist auch ein gutes Instrument, um zu erklären, warum der Bösewicht die Protagonisten nicht wegputzt, solange sie noch schwach sind beziehungsweise den Plotcoupon noch nicht haben, den sie brauchen, um ihn zu besiegen.