Normalerweise gibt es auf Linux-Systemen einen Symlink in /usr/src namens linux, der auf das Verzeichnis des aktuellen Kernels zeigt. Dadurch vermeidet man Probleme mit unterschiedlichen Versionsnummern, denn der jweweilige Programmierer kann ja nicht voraussehen, welche Kernel-Sourcen bei dir liegen und welche davon die aktuellen sind (es müssen ja nicht unbedingt die neuesten sein, du könntest ja auch neue erst mal testen).
Das Problem bei dir ist wahrscheinlich, dass du durch ein ubuntu-Update zwar ein Kernel-Update bekommen hast, aber kein zugehöriges Update der Kernel-Sourcen. Standardmäßig bringt Ubuntu sogar gar keine Kernel-Sourcen mit, du hast sie also vermutlich irgendwann mal nachinstalliert.
Ich würde also vorschlagen, dass du mal schaust, ob du per Update oder apt-get / synaptic die genau passenden Kernel-Sourcen herunterladen kannst. Alternativ kannst du auch einen Kernel aus den vorhandenen Sourcen bauen und diesen parallel zu dem aktuellen betreiben; dann machst du ein Symlink auf das Verzeichnis des selbst gebauten Kernels, damit die Installationsroutine von vmware diesen auch findet.
Wenn du nicht weißt, wie du einen Kernel bauen sollst, kann ich dir dazu noch ein bisschen mehr sagen, ich habe das schon öfter gemacht (allerdings unter Gentoo).
Robin