Ich würde SR 4 nehmen, und die Ausrüstungslisten komplett umschreiben.
Auch unter SR 2 ließ sich das Setting wunderbar spielen, hatte das damals mal in einer Kurzkampagne für Shadowrunner verwurstet.
Man sollte ja nicht vergessen, dass die Akteure in Wirklichkeit keine SciFi-Viecher sind sondern Menschen aus unserer Jetztzeit, die auf Aliens treffen.
Daher würde ich kein zu klassisches SciFi-System nehmen.
Die Ausrüstung muss man natürlich massiv überarbeiten, zusammenstreichen und anschließend wieder ergänzen. Aber irgendwas ist ja immer.
Aber man hat ja dann auf jeden Fall auch schon Regeln für Computersysteme, Drohnenrigger u.s.w., was in UFO ja auch alles vorkam.