Themes sind eine optionale nachträgliche Ergänzung zum System, ähnlich wie dies auch ein Background ist. Du findest sie also erst in Folgebüchern, im PHB gab es die noch nicht.
Thematisch sind sie zwischen der Charakterklasse und dem Hintergrund einzuordnen. Der Hintergrund ist eher das was dir in längerer Vergangenheit geschah (z.B. so etwas wie "Waisenkind", "unter einem schlechtem Zeichen geboren", "Gossenkind" oder Berufsausbildungen oder ähnliches).
Ein Theme ist eher etwas das bereits den aktuellen Charakter betrifft, aber unabhängig von seiner Klasse ist. Z.B. hat meine Bardin wie gesagt das Alchemistentheme. Natürlich können auch andere Charaktere Alchemist werden, sie hat aber eine gewisse Spezialisierung darauf. Es kann auch etwas sein dass in kürzerer Vergangenheit geschah - oben habe ich ja schon das Theme "Kultist" erwähnt welches mein vor einem Kult fliehender zweiter Magier hat.
Technisch geben die meisten Themes ein paar kleine Startboni, eine kleine Fähigkeit (mein Seher kann z.B. in begrenztem Rahmen die Zukunft erahnen) sowie wenn man aufsteigt zumeist auf Stufe 5 und 10 noch einmal ein paar kleine Boni. Ausserdem kann man (ähnlich den an Fertigkeiten gebundenen Skillpowers) anstatt seiner Klassenkräfte auch solche nehmen welche dem Theme zugeordnet sind.
So hat mein Magier z.B. jetzt Clairvoyance als seine Utility Power auf Stufe 2 gewählt.