Auf der Elbe wird ganz viel gesegelt. Natürlich braucht man genug Wind, um gegen die Strömung an zu kommen, und kreuzen ist auf schmalen flüssen schwierig, aber im Mittelalter gab es sowieso in Europa keine Schiffe, die kreuzen konnten (außer Langboote). Mit ihren Langbooten sind die Wikinger viele der großen Flüsse Europas weit hinauf gefahren.
Links zu mittelalterlichen Flussschiffen habe ich leider nicht. Die vielen verschiedenen Schiffstypen, die man so kennt, sind übrigens alle (bis auf das erwähnte Langschiff und vielleicht noch die Kogge) 15. Jhdt. und später. Im Hochmittelalter war die Schiffsbaukunst noch ziemlich unterentwickelt. Ein Flussschiff müsste einen breiten Rumpf mit wenig Tiefgang haben, vielleicht mit Senkschwertern an der Seite zur Kursstabilisierung. Es müsste eine relativ große Segelfläche im Verhältnis zu seiner Größe haben. 10 Pferde an Bord mitnehmen ist schon recht viel, aber möglich ist das sicherlich.
Flussabwärts wurde übrigens auch viel mit Flößen gearbeitet. Und auf kleineren Flüssen war sicher das von dir erwähnte Treideln die Hauptfortbewegungsmethode. Aber wenn wir hier von einem Fluss wie der Donau oder dem Nil reden - das sind richtig große Gewässer!