Eine Lösung habe ich nicht, nur sehr viel Mitgefühl.
Der (nicht lustige) Witz an der Sache ist, dass der Fehler - so wie Du beschreibst - auch bei uns (ebenfalls nicht regelmäßig oder gleichmäßig) auftritt: Von gar nicht über stockend, kurz vor Ende stoppend oder einwandfrei ist irgendwie alles möglich, unabhängig von Bios, Software und Raidmode.
Wir reden hier dann immer von Gremlins, aber eine echte Patentlösung haben wir auch noch nicht gefunden. Wir sichern dann halt so, wie es funktioniert (also mit Workarounds), führen die Arbeiten durch, die beauftragt wurden und versuchen es nicht allzu sehr an unserem Stolz nagen zu lassen. Irgendwie gut zu wissen, dass wir nicht einfach zu blöd sind, sondern es auch anderen so geht.
BTW: Welche Software verwendet ihr zur Sicherung/Archivierung?