Zu den Latex-Paketen:
Zu Latex gibt es mehrere Erweiterungen, je nach Spezialgebiet. In den besseren Anleitungen sollte sie Verwendung solcher Packages explizit angegeben sein, zur Not sind die aber auch im Latex-Dokument nochmal mit dem Tag \usepackage{blablub} angegeben.
Das Nachinstallieren von Paketen ist Ubuntu ziemlich schmerzfrei: System\Administration\Synapric Packet Manager, da dann nach dem Paketnamen suchen, markieren und auf "Apply" klicken.
Anfangen mit Latex:
Ich verwende den Latex-Editor "Kile". Der ist zwar nicht WYSIWG, bietet aber Buttons für die meisten Funktionen, und unterstützt beispielsweise auch PDFLatex. Ausserdem kann er die Textstruktur in einer Seitenleiste darstellen (unter "Structures"), ähnlich wie man es aus PDF-Dokumenten mit Lesezeichen kennt - das scheint dir ja wichtig zu sein.
Als Ausgangspunkt empfehle ich
diese Beispieldatei. Ist ein Paper übers Paper-Schreiben, dass vom Bilder-Einbinden übers Quellenverzeichnis eigentlich alles wesentliche beinhaltet.
Wozu Latex?
Der Vorteil von Latex ist, dass das nervige Layouten entfällt. Es ist eher weniger was für Mikromanager, sondern für Leute mit klaren Layout-Vorstellungen, die sich auf die Inhalten konzentrieren wollen.
Und gerade im akademischen Bereich ist Latex da einfach super. Von der Bücherliste samt Verweisen bis zur Formeldarstellung, Einbinden der Graphiken und Fussnoten bis zum Managen der Überschriften und Kapitel find ichs einfach deutlich schmerzfreier als Word/Openoffice. Keine Formatierungsfehler, kein uminterpretieren des Layouts abhängig vom Rechner.
Der Punkt ist halt nicht, dass man unter Word gleichaussehende Dokumente hinkriegt - wissenschaftliche Texte sind ja fast schon standardisiert. Der Punkt ist, dass man mit Latex solche Dokumente hinkriegt, ohne sich über die Formatierung den Kopf zu zerbrechen.
Dabei hat Latex durchaus Grenzen - etwa wenn es darum geht, ein 2/3-seitiges Bild in einen zweispaltiges Layout bei sehr kurzen Kapiteln zielgenau einzubinden. Da ist man mit dem "genau hier in diese Zeile"-Ansatz von Latex näher dran, als beim "zu diesem Kapitel"-Ansatz von Latex. Aber der bringt dann halt doch bessere Ergebnisse, wenn sich die Textmenge dann doch wieder ändert.
Gerade die Sache mit dem ordentlichen Layout ist halt bei Latex vom Start an gegeben. Und auch was das Arbeiten mit Templates angeht ist Latex imho einfach weiter - meine Erfahrungen mit PowerPoint-Präsentationen mit OpenOffice waren einfach nur ein Graus, mit Latex war es dann deutlich unverkrampfter, und Sachen wie das Generieren einer Fortschritts-Leiste anhand der Dokumentstruktur waren ohne Mehraufwand umsetzbar.