Zum Thema Wohnort: Da hast du leider recht, aber vielleicht kann man ja mal online spielen oder so.
Zu den Skillchallenges: Ob nun mit oder ohne Regeln...letztlich denke ich dass auch bei dir die Spieler in so einer Situation etwas Zeit verbringen können. Ich meine, du gehst ja nicht von einem Encounter zum nächstem, oder? In der Zwischenzeit etwas vorzubereiten ist durchaus machbar.
Was deine Vorgehensweise betrifft: Ich glaube da kann man schon eine Menge optimieren. Das MM durchzublättern um zu einem Thema passende Monster zu finden ist nicht gerade effektiv. Wenn du das wirklich bei jedem improvisiertem Encounter machst ist es kein Wunder dass dies übermässig lange dauert.
Viel besser bist du dran wenn du den Index hinten im Buch nutzt. Dort kannst du auf einem Blick sehen welche Monster es für deine Stufe geben würde. Und auch welche Rolle diese hätten. Und dann anhand des prinzipiellen Namens dir überlegen ob das vom Thema her passt. Z.B. ist es ziemlich leicht zu erkennen ob ein "Mummy Guardian" oder ein "Orc Chieftain" passt. Wenn du den Index nicht benutzt musst du aber sehr viel blättern.
Auch dein Vorgehen bezüglich der Templates halte ich nicht für sinnvoll...sowas kann man machen wenn man ein Monster nicht improvisiert. Aber ich denke in erster Linie erschaffst du dir damit nur Aufwand, denn anstatt z.B. einem Orcschamanen ein Klassentemplate "Schamane" zu geben könntest du ihm auch einfach stimmungsvolle und dazu passende Kräfte geben.
Wie du schon selbst sagst: Templates sind für besondere Gegner, und solche sollte man nicht improvisieren. Oder zumindest nicht wenn man unsicher über die Regeln dazu ist.
Ich würde den Beispielencountern auch an deiner Stelle eine Chance geben. Die werden nie genau passen, das ist doch klar. Aber es geht wesentlich schneller dort das eine unpassende Element herauszuschmeissen anstatt alles selbst neu zu basteln. Wenn ich z.B. einen ca. Stufe 9 Encounter mit Orcs machen mag und mir gefällt nicht dass die Beispielorcs ein abgerichtetes Wildschwein haben dann schmeiss ich einfach dieses heraus und suche einen vergleichbaren Gegner. (z.B. den netten Schreckenswolf den die andere Orcgruppe hat)
Die Zeit die du damit sparst kannst du viel besser in Flairbeschreibungen investieren anstatt über Templates zu brüten oder einzelne Monster anzupassen.